Para el desarrollo de sus funciones, la Biblioteca de Andalucía se estructura en las siguientes áreas básicas, dependientes de la Dirección:
Biblioteca Digital, encargada de ofrecer acceso digital y promocionar la cultura bibliográfica andaluza a través de la Web.
Área de Referencia, Información y Documentación, encargada del mantenimiento de las colecciones de la biblioteca, la información bibliográfica acerca de ellas, así como del préstamo en sala y a domicilio.
Área de Patrimonio Bibliográfico, que se ocupa de todas aquellas funciones relacionadas con la recogida, conservación, y difusión del conocimiento del Patrimonio Bibliográfico Andaluz, además del Depósito Legal y de la producción editorial andaluza.
Área de Hemeroteca, que ha asumido el control, proceso técnico y difusión de las publicaciones periódicas y la prensa andaluza. Igualmente se ocupa de las nuevas publicaciones hemerográficas que, con carácter periódico y efímero, están emergiendo en el mundo digital.
Área de Servicios para la Lectura Pública, que se ocupa del diseño y mantenimiento de los servicios centralizados de préstamo, de información local y de la cooperación con las bibliotecas de la Red de Bibliotecas Públicas de Andalucía.
Área de Difusión, se encarga de la organización y de la promoción de las actividades culturales de la Biblioteca, así como de sus publicaciones.
Área de Servicios Administrativos, a la que corresponden las tareas de registro de documentos, correspondencia y las relativas a la administración y gestión económica.